Ono što u najvećoj mjeri opterećuje bioplinski sektor u RH je zakonska legislativa i nedostatak znanja od strane donosioca zakonskih i podzakonskih akata o specifičnostima bioplinskih postrojenja.
Dana 01. lipnja 2023. stupio je na snagu novi Pravilnik o ukidanju statusa otpada (NN 55/23).
EU Komisija u svojim tumačenjima upravo naglašava da Uredba (EU) 2019/1009 ne može zamijeniti nacionalno zakonodavstvo i ne može spriječiti stavljanje na tržište nesukladnih gnojidbenih proizvoda i da je na proizvođaču da odluči želi li na tržište staviti usklađeni ili neusklađeni gnojidbeni proizvod.